区别：1、采购的代理机构不同；2、采购的方式不同：招投标法规定了公开招标、邀请招标和不招标三种方式；政府采购法规定了公开招标、邀请招标、竞争性谈判、单一来源采购、询价五种采购方式；3、发布招标公告的媒体要求不同；4、政府采购法没有规定对资格预审文件可以提出澄清和修改；5、对招标文件提出异议规定不同；6、招标法规定了技术复杂的可以实行二阶段招标，采购法没有二阶段招标规定；7、废标的规定不同；8、投诉和处理程序不同；9、否决投标的情形不同；10、投标保证金的退还规定不同。

其他区别：

1、法律界定的范围不同。政府采购是涵盖使用财政性资金的所有政府采购活动，包括货物、服务和工程。其中服务项目的采购属政府采购独有，如会议定点、加油、修车、保险、印刷等。招投标使用的是资金性质不同，其范围只有建设工程和相关货物，不包含服务。

2、实施的主体不同。遵照《政府采购法》的规定，政府依法在每一个行政区划单位成立一个政府采购中心管理政府内部的采购事务，是一个纯服务性机构，承担实施本级《政府采购集中采购目录》内的项目采购行政职能，其经费列入财政预算。与招投标机构在性质上完全不同。根据政府采购的特殊性，各省从实行政府采购制度一开始，就设立独立的采购中心。对招投标而言，国家有关部门批准登记设立的各类建设工程招投标机构，其性质属于营利性企业，不是政府的内设机构，没有行政职能。

3、组织形式有区别。政府采购是由财政部门、政府采购中心、采购人、评标专家、供应商、监察、审计机关六方共同组织采购工作，实行“采”“管”分离，并接受纪检部门的全程监督，在程序、方式、人员等方面具有很强的规范性，从而更有利于实现“三公”原则和避免暗箱操作。而招投标是由业主单位加招标机构和投标企业有时甚至是两方组织完成采购活动。

4、资金保障不同。政府采购实行严格的预算管理，并有坚实的政府采购资金作采购项目的保障，由国库统一集中支付，减少了拨款环节，避免了资金流失占用和拖欠资金等弊端，维护了政府形象。而招投标不具有上述特点。

5、服务结果不同。政府采购中心作为政府内部的服务机构不收取任何费用，全部免费服务，同时对政府采购资金的节余部分全部归财政，充分体现了反腐倡廉目的，这是招投标企业所无法做到的。